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Les archives provenant des Comptoirs français de l'Inde ou Établissements français de l’Inde remontent à l'Ancien Régime. Elles ont subi de nombreuses pertes principalement au XIXe siècle. Il reste en effet peu de documents sur les débuts de la Compagnie des Indes, ainsi que sur Dupleix et Lally-Tollendal. En 1816, le dépôt contient 355 registres, 590Liasses, 113 cartons, 6 caisses, et notamment les papiers du secrétariat du gouvernement du conseil supérieur pour les périodes 1701-1760 et 1765-1773. C’est entre 1816 et 1852 que se situent les principales disparitions. Le 23 septembre 1852, un dépôt général des anciennes archives des Établissements français de l’Inde est créé dans un local de la bibliothèque publique de Pondichéry.Les archives étaient alors réparties en deux grandes divisions : feuilles volantes (subdivisées en 8 séries) et registres (subdivisés en 6 séries). La Société de l’histoire de l’Inde française joua un rôle important dans la conservation et le classement des archives. Des travaux de traduction, de copies de documents et d’inventaires furent réalisés.En 1950, une mission est envoyée en Inde afin de procéder au microfilmage des séries les plus importantes. Ce sont les documents anciens, à l’exception des liasses du tabellionage et du fonds de la Chaudrie, qui seront microfilmés. Les archives modernes, n’étant pas classées, ne furent pas microfilmées. Au moment où commencèrent les pourparlers entre la France et l’Inde à propos de la cession des comptoirs, les archives classées furent prises en compte dans les négociations. Le sort des archives est fixé par les accords de 1951Pour Chandernagor : l’article 6 précise que « le gouvernement de la République française pourra conserver et emporter, en se consultant avec le gouvernement de la République de l’Inde, toutes archives ayant un intérêt historique général et mettra à la disposition du gouvernement de la République de l’Inde les archives présentant un intérêt pour l’administration locale de Chandernagor ». Le rapatriement des archives commence en juin 1954. Dans l’accord en date du 21Octobre 1954, il est précisé à l’article 33 que « le gouvernement français conservera les archives ayant un intérêt historique et laissera au gouvernement indien celles qui sont nécessaires à l’administration du territoire ». Les archives furent rapatriées en 1954.

Le fonds territorial des Établissements français de l’Inde a été divisé en trois parties :

• le fonds ancien ou de la Compagnie des Indes (fin XVIIe s.-milieu XIXe s.) - séries A, B, C
• le fonds moderne et contemporain (1821-milieu XXe s.) - séries D, E, F, G, H
• le fonds des papiers publics, archives notariales et judiciaires(XVIIIe siècle et premières décennies du XIXe) - séries L, M, N, O, P, Q, R.