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Le fonds a connu bien des vicissitudes de classement, tant des démembrements - nombre de pièces portant l’identification du Service sont aujourd’hui classées dans les pièces isolées (sous-séries 1-4 PL) - que des ajouts (de nombreuses pièces provenant du gouvernement général de l’Indochine - régie du dépôt légal ont été classées et cotées dans la série ASIE).Il traduit néanmoins de manière encore sensible les préoccupations françaises en matière coloniale à l’époque : l’Afrique y occupe une place prépondérante (près de 2 000 cotes attribuées, qui représentent probablement 4 000 cartes environ), suivie par l'Asie (1 650 cartes, dont une écrasante majorité relative à l’Indochine). Quelques centaines voire dizaines de cartes à peine composent chacune des autres séries.Presque toutes les séries commencent par des cartes marines imprimées du Dépôt des cartes et plans de la Marine (ancêtre du Service hydrographique et océanographique de la Marine) : la voie d’accès aux territoires que l’on se propose de coloniser, dans la seconde moitié du XIXe siècle, c’est la mer, et les officiers de marine savent lever, dessiner et dresser des cartes précises. Puis la pénétration dans les terres, par l’armée ou des expéditions spécifiques, donnent lieu à des cartes terrestres.Les missions d’exploration, de découverte et de prise de possession ou de consolidation de la présence française sont ici prépondérantes : l’enjeu majeur est d’assurer la main-mise de la puissance colonisatrice sur les territoires, à la fois vis-à-vis des populations « indigènes » et des autres puissances coloniales (notamment la Grande-Bretagne), installées à proximité immédiate et parfois en lutte plus ou moins larvée pour la suprématie sur telle ou telle région. Ce fonds, et en particulier sa partie relative à l’Afrique, est particulièrement remarquable par la grande proportion de levers, croquis sommaires, travaux préparatoires et cartes manuscrits qu’il contient, dont beaucoup sont inédits. Ainsi, les missions Archinard par exemple ont laissé nombre de relevés, plans, dessins et croquis dans la série Afrique, et les documents préparatoires ayant servi à la publication de l’Atlas des cartes du Haut-Mékong d’après les travaux de la mission hydrographique composée de MM. Simon, G. E., Le Vay, P. I. Henri, avril 1893 à janvier 1896, publié par le Service géographique de l’armée, se trouvent dans la série ASIE du fonds du Service géographique des colonies.Associé de plus en plus étroitement à l’IGN dans les dernières années de son existence, puisque son personnel scientifique en était détaché auprès du ministère de la France d’outre-mer, le Service géographique des Colonies est très probablement à l’origine de la constitution de la série IGN de la cartothèque des ANOM, suite chronologique logique du fonds qui n’a manifestement pas été totalement intégrée dans le classement existant après le départ de la dernière personne à avoir été chargée de la cartothèque du Bureau géographique des Colonies et la disparition du ministère de la France d’outre-mer.

Liste numérique et index (géographiques, anthroponymiques, matières) sur fiches dactylographiées, accessible uniquement en salle des inventaires. Les séries ASIE, COMORES, MAD et REU constituent la première tranche du travail de reclassement, recotation et description en cours.